Enseñado desde una cosmovisión decididamente cristiana, en Secundaria del Colegio Maranatha, ofrece un currículo académico transversal bilingüe, con aprendizaje basado en la colaboración, proyectos y resolución de problemas, con el propósito de incrementar el nivel educativo y enfatizar una educación de habilidades.  Como todo alumno del Colegio Maranatha, los alumnos de secundaria participan en un devocional general cada semana, además de devocionales diarios en el salón de clases.  Cada día, nuestros alumnos toman siete períodos de clases.  Algunos de estos períodos incluyen matemáticas, inglés, ciencias, español, historia y una variedad de optativas para elegir.  Debido a que una educación completa es importante, los alumnos de secundaria tienen la oportunidad de participar en clases de música, educación física y en el coro del colegio.  Contamos con un equipo de maestros profesionistas acreditados por la Secretaría de Educación quienes proveen un aprendizaje integral.  Nuestros maestros aman a Dios y han sido llamados a enseñar a los alumnos desde un punto de vista bíblico. Nosotros creemos que un alumno puede tener éxito completo si tienen un firme fundamento en su hogar, su iglesia local y su escuela.  El Colegio Maranatha en el nivel de secundaria busca fomentar en los alumnos la excelencia, mayordomía e integridad en su desarrollo académico y en su fe, mientras trabajamos con los padres para proveer una educación transformacional en una comunidad Cristo céntrica.